Le volet formation comporte la formation des Médecins Généralistes et Spécialistes, des Techniciens Supérieurs en Soins Infirmiers et des Techniciens dans les Sciences de la Santé. Vu le nombre limité de places disponibles, la Faculté a toujours sélectionné les meilleurs lauréats du Baccalauréat, du GCE " A " Level et des Facultés des Sciences à travers un concours annuel. 
Les spécialités de médecine enseignées en ce moment à la FMSB sont les suivantes : Anesthésie-Réanimation, Chirurgie Générale, Gynécologie-Obstétrique, Médecine interne, Pédiatrie, Radiologie, Biologie Clinique, Anatomie Pathologie et Santé Publique. 
La formation continue est assurée par les symposiums mensuels à la FMSB et par la publication d'une revue, "Les Annales de la Faculté de Médecine ". En outre, la FMSB participe à la tenue de la Conférence Médicale Nationale du Cameroun, organisée chaque année à l'attention du personnel sanitaire du pays.